Прежде всего необходимо скачть и распаковать архив с драйверами: AVRISP-MKII-libusb-drv.rar
При первом подключении программатора - система потребует установить драйвер,
нужно указать ей на папку в которую был распакован архив AVRISP-MKII-libusb-drv.rar
После установки драйвера - устанавливаем AVRDUDE_PROG 3.2
В настройках AVRDUDE_PROG 3.2 указываем программатор AVR ISP mkII.